Zur Therapie des Undine Syndroms stehen derzeit 3 Behandlungsmöglichkeiten zur Auswahl:
Traditionell werden in Krankenhäusern Tracheostoma gelegt. Die meisten Kliniken haben lange Erfahrungen damit. Man nennt dies eine invasive Beatmungsform, sowie auch der Pacer, der in Deutschland in München an der Kinderklinik Dritter Orden eingepflanzt wird. Der Pacer wird vorwiegend Kindern eingesetzt, die eine 24h Beatmung brauchen oder dem Kleinkindalter entwachsen sind. In letzter Zeit entscheiden sich mehr und mehr Kliniken für eine Maskenbeatmung, einer non-invasiven Beatmungsform. Vor 10 Jahren wurde das erste Mal ein Undine Kind erfolgreich mit einer Nasenmaske beatmet.
Die Entscheidung tragen Eltern gemeinsam mit den Ärzten. Dabei werden verschiedene Faktoren berücksichtigt, z.B Aufklärungsgrad der betreuenden Klinik, anatomische Voraussetzung des Kindes, besonders im Rachenraum, Akzeptanz der Beatmungsform des Kindes, Einstellung der Eltern, Schweregrad des Undine-Syndroms, usw.
| Vorteile | Nachteile | |
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| Tracheostoma |
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| Maske |
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| Pacer |
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| Unterdruckbeatmung |
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Alle Behandlungsformen benötigen jedoch in der Regel einer nächtlichen Überwachung durch Nachtwachen, z.B durch MedizinstudentInnen, (Kinder-)Krankenschwestern, Zivis. Die Nachtwachen überwachen die Blutgaswerte insbesondere dem Sauerstoffgehalt (z.T. auch dem CO2) und stellen die Beatmungsparameter Druck und Frequenz ein.

Vom 18. - 19. Oktober 2008 findet das erste deutschsprachige Treffen zum Undine-Syndrom (CCHS) im Kloster Benediktbeuren, Bayern in Zusammenarbeit der Kinderklinik Dritter Orden München und der Selbsthilfegruppe Undine-Syndrom statt.